深度解析：新一代測序，今年發生了哪些巨變

上海信帆生物：

花開花落，又是一年，是時候盤點一下新一代測序領域的新變化了。自今年2月份以來，測序儀并沒有太大的變化，但也不是說一切都是老樣子。新的樣品制備儀器正揭開面紗，而測序讀長更是逆了天。

羅氏454

454生命科學曾在2013年宣布，計劃在2015年停止測序硬件的銷售。據羅氏診斷的測序Susan Ulanowicz介紹，該公司將支持其硬件直到2016年底，而不是之前報道的2016年年中。

不過，羅氏NimbleGen仍在開發NGS的樣品制備工具。1月，它推出了SeqCap Epi序列富集系統，以捕獲甲基化的基因組DNA。zui近，NimbleGen更推出了SeqCap RNA富集系統，利用寡核苷酸來富集特定部分的轉錄組。

據羅氏NimbleGen的營銷總監Ji Wu介紹，SeqCap RNA富集系統有三個版本可以選擇：lncRNA設計捕獲17.35 Mb，代表32,808個lncRNA和TUCP轉錄異構體；以及兩個定制版本，從低至10 ng總RNA中捕獲7 Mb至200 Mb的序列。“它降低了測序的成本，并提高了發現和鑒定新穎外顯子、剪接變體、突變和基因融合的能力，”Wu談道。

Illumina

Illumina負責測序系統的產品營銷Joel Fellis表示，Illumina在今年有一些測序試劑的更新。

本月發售的HiSeq Rapid v2 Reagent Kit適用于HiSeq 2500，它將快速運行模式下的讀長提高至2 x 250 bp（雙端），能在60小時內帶來300 Gb。

HiSeq X HD v2 Reagent Kit也將在11月發布。它讓研究人員能夠更快地制備測序文庫，而無需PCR擴增。Fellis表示：“為了獲得*的基因組組裝，我們建議使用TruSeq DNA PCR-Free kit。因為它帶來了挑戰性區域的出色覆蓋，比如那些GC含量高的區域。”

7月，Illumina發布了TruSeq Synthetic Long-Read DNA Library Prep Kit，這是Illumina兩年前收購的Moleculo技術的商業化產品，而之前僅作為服務提供。Fellis解釋道，試劑盒通過計算的方式從Illumina短讀取技術中產生長讀取數據。這些信息將有助于染色體定相（phasing）和de novo組裝。

NextSeq 500是Illumina在今年推出的新產品。Fellis表示，明年上半年將發布試劑升級。在zui近召開的美國人類遺傳學學會的會議上，科學家展示了新試劑為NextSeq 500帶來HiSeq水平的準確性。“比之前的試劑相比，您將獲得更加準確的數據，”他說。

Ion Torrent

Ion Torrent的Ion PGM™ 和Ion Proton™ 儀器如今歸在賽默飛世爾旗下，zui近也有一些試劑升級。

賽默飛在第三季度發布了新的Hi-Q™ DNA聚合酶，有望明顯減少插入缺失的錯誤率。據Ion Torrent的產品Andy Felton介紹，對于金黃色葡萄球菌，插入缺失錯誤率下降94%，而大腸桿菌也下降80%。對于基因panel，這要看情況而定。Felton提到一個含有2300個PCR擴增子的重測序panel，插入缺失錯誤率大約下降43%。目前，適用于Ion PGM的Hi-Q已推出，而Ion Proton的配方應該在2015年上半年推出。

另一個新產品是Ion AmpliSeq™ Transcriptome Human Gene Expression Kit，一個基于PCR的序列富集工具，能在每個反應中捕獲并測序代表2萬個人類轉錄本的擴增子。這種試劑主要是面向轉錄本計數，而非異構體分析。Felton表示：“我們認為這是測定癌癥樣本中基因表達變化的一個偉大方式，因為能夠從10 ng FFPE DNA開始。”

今年3月，賽默飛還推出了Ion Chef™，一臺全自動的儀器，能自動完成PGM和Proton的克隆擴增和芯片上樣。據Felton介紹，適用于Proton的PII芯片仍在開發之中，預計產量在2億至3億個100-bp的讀取，適合RNA-Seq等應用。

Oxford Nanopore Technologies

多虧了MinION試用計劃（MAP），用戶終于可以將U盤大小的MinION測序儀拿回家了。一些用戶已經發表了他們的結果。沖繩縣工業技術中心的Alexander Mikheyev和Mandy Tin在8月發表文章，稱這臺儀器的通量低，錯誤率高。

Oxford Nanopore并沒有對此事作出回應。不過，計算生物學家Keith Robison在其博客中寫道：“Mikheyev和Tin未能探索各種各樣的參數或關注MAP社區，而是匆匆趕制出這篇論文，因此，他們的分析有很大的缺陷。”

同時，Oxford Nanopore也在擴大它的儀器產品線。的成員是PromethION，一種平板大小的臺式測序儀。它能夠在大量的納米孔中運行少量樣品，或在數千個納米孔傳感通道中平行運行多個樣品。

Pacific Biosciences

上個月，Pacific Biosciences宣布推出的試劑，名為P6-C4（即第6代的聚合酶和第4代的試劑）。這種新試劑可以將PacBio的平均讀長提高到10,000至15,000 bp，zui長讀長甚至超過40,000 bp。

據介紹，升級后每個SMRT Cell的有效數據產出量有望達到500M至1000M。“通過每次儀器運行時提供更大量的長讀取，新試劑讓用戶能夠更高質量地組裝基因組。”PacBio的長讀取技術在定位轉錄本結構和傳染病監控等應用上很受歡迎。zui近，一些研究也證實了這項技術與de novo基因組組裝兼容。

第三方工具

測序供應商可不僅僅是那些生物試劑測序儀的廠家。瑞士自動化公司Tecan在9月宣布推出Freedom EVO® NGS工作站，適用于Illumina和Ion Torrent的文庫制備。據Tecan介紹，Freedom EVO NGS工作站可為沒有任何經驗的用戶提供文庫制備、核酸定量、qPCR體系構建，濃度均一化，樣本匯集和捕獲等過程的自動化。

安捷倫科技公司的SureSelect靶向序列捕獲試劑盒一直挺受歡迎。6月，它宣布推出新的SureSelectQXT試劑盒，這是個革命性的NGS靶向序列捕獲方案，能夠短短7小時內從50 ng基因組DNA中產生測序即用的文庫。

新一代測序已經迎來了越來越多的觀眾，而他們對工具的需求也在推動儀器不斷發展。因此，如果明年有更多的新產品問世，請不要驚訝。www.hefuhome.com elisa試劑盒，進口elisa試劑盒，國產elisa試劑盒，elisa試劑盒價格，農殘檢測試劑盒，血清，進口血清 -上海信帆生物科技有限公司